Сериал "Внутреннее расследование" разворачивается вокруг Рустема Зайнулина, руководителя отдела по тяжким преступлениям, которого внезапно обвиняют в убийстве собственного агента. Накануне ареста этот агент передал ему ценную информацию о местонахождении опасного преступника, но вместо поимки злоумышленника Зайнулин сам оказывается за решеткой по воле коллег из управления собственной безопасности.

Запутанное дело поручают полковнику Щуке, человеку старой закалки, которого без особого энтузиазма вернули из отпуска. Его методы многим кажутся устаревшими, а сам он не рвался обратно в систему. Однако теперь именно он возглавляет петербургское управление собственной безопасности и вынужден разбираться в этом грязном клубке, где границы между честными сотрудниками и предателями полностью стерлись.

Расследование превращается в опасную игру, где каждый шаг Щуки бросает тень на репутацию коллег. Ему предстоит не просто найти доказательства вины или невиновности Зайнулина, но и понять, кому в полиции можно доверять, а кто давно перешел на другую сторону. Это история не только о поиске правды, но и о личном выборе в системе, где сама законность оказывается под вопросом.